bioinformatics Créer un blastdb ADN


Exemple

Afin de comparer les séquences de requêtes aux séquences de référence, vous devez créer un blastdb de vos références. Ceci est fait en utilisant makeblastdb qui est inclus lorsque vous installez blast.

makeblastdb -in <input fasta> -dbtype nucl -out <label for database>

Donc, si vous aviez un fichier reference.fasta contenant les enregistrements suivants:

>reference_1
ATCGATAAA
>reference_2
ATCGATCCC

Vous exécutez ce qui suit:

makeblastdb -in reference.fasta -dbtype nucl -out my_database

Cela créerait les fichiers suivants:

  • my_database.nhr
  • my_database.nin
  • my_database.nsq

Notez que les fichiers de base de données sont étiquetés avec l'argument -out .