bioinformatics Extrait des séquences fasta d'un blastdb


Exemple

Vous pouvez extraire une séquence fasta à partir d'un blastdb construit à partir d'un fichier fasta en utilisant blastdbcmd qui devrait être installé lors de l'installation de makeblastdb .

blastdbcmd -entry all -db <database label> -out <outfile>

Si vous aviez une base de données appelée my_database contenant les fichiers my_database.nhr , my_database.nsq , my_database.nin et que vous vouliez que votre fichier de sortie fasta s'appelle reference.fasta vous exécuteriez les opérations suivantes:

blastdbcmd -entry all -db my_database -out reference.fasta