Tutoriel par Examples: blastdb



Afin de comparer les séquences de requêtes aux séquences de référence, vous devez créer un blastdb de vos références. Ceci est fait en utilisant makeblastdb qui est inclus lorsque vous installez blast. makeblastdb -in <input fasta> -dbtype nucl -out <label for database> Donc, si vous ...
Vous pouvez extraire une séquence fasta à partir d'un blastdb construit à partir d'un fichier fasta en utilisant blastdbcmd qui devrait être installé lors de l'installation de makeblastdb . blastdbcmd -entry all -db <database label> -out <outfile> Si vous aviez une base de...
Les données peuvent être extraites d'un blastdb en utilisant blastdbcmd qui devrait être inclus dans une installation blast. Vous pouvez spécifier parmi les options ci-dessous, dans le cadre de -outfmt quelles métadonnées inclure et dans quel ordre. De la page de manuel: -outfmt <String&gt...

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